Для создания таблиц базы данных достаточно на вкладке Entities панели навигатора нажать на кнопку Generate DB scripts. После этого откроется страница Database scripts. На вкладке будут сгенерированы скрипты обновления базы данных от ее текущего состояния (Update scripts) и скрипты создания базы данных с нуля (Init tables, Init constraints, Init data). Также на вкладке будут доступны уже выполненные скрипты обновления базы данных, если они есть.

Чтобы сохранить сгенерированные скрипты, нажмите на кнопку Save and close. Для запуска скриптов обновления остановите запущенное приложение с помощью команды Run → Stop application server, затем выполните Run → Update database.