При запуске и развёртывании приложений из CUBA Studio или с помощью gradle система сборки упакует компоненты в бандлы в соответствии конфигурацией в polymer.json. По умолчанию, всё приложение упаковывается в один файл <appname>-shell.html. Если проект запущен, то при изменении компонентов Studio автоматически копирует их в Tomcat. Также она заменит собранный бандл <appname>-shell.html на его исходную версию, чтобы подтягивались изменения в отдельных компонентах. Необходимо обратить на это внимание при развёртывании приложений в production напрямую из tomcat/webapps.